大家都知道，海关进口增值税缴款书是增值税扣税凭证抵，抵扣期限为开具之日起180日内需要认证、抵扣，逾期除经税务总局核准予以抵扣外，一律不得抵扣。可是，如果海关进口增值税缴款书丢失了，是否不能抵扣增值税进项税额了呢。本文现予以讨论，由于水平有限，若有不当之处，还请海涵，并敬请指正。
案例概况
吉祥科技有限公司（以下简称“吉祥公司”）是增值税一般纳税人，2017年4月27日取得海关进口增值税缴款书，票面注明价款600万元，税款66万元，2017年6月15日发现该票被采购经理遗失。问该业务如何进行税务处理？
税务分析
一、政策依据
《税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）。
《税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（税务总局公告2017年第11号）。
二、实务分析
《税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税、公路内河货物运输业统一和机动车销售统一，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第二条规定，实行海关进口增值税缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
第三条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税、公路内河货物运输业统一、机动车销售统一以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
根据以上规定：自2010年1月1日以后开具的增值税、公路内河货物运输业统一、机动车销售统一、海关进口增值税缴款书等四类增值税扣税凭证抵扣期限为180天。
三、案例解析
根据案例资料： 吉祥公司2017年4月27日取得海关进口增值税缴款书，票面注明价款600万元，税款66万元，2017年6月15日发现该票被采购经理遗失。可是，怎样处理，遗失的海关进口增值税缴款书注明税款才能进行进项税额抵扣？
《税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第四条第二项规定，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在本通知第二条规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。
可见：自2010年1月1日起，增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在180天内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。经税务机关稽核比对无误后，方可允许抵扣。
需要特别注意的是：税务局2017年4月20日印发的《税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（税务总局公告2017年第11号）第十条明确规定， 自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税和机动车销售统一，应自开具之日起360日内认证或登录增值税选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的海关进口增值税缴款书，应自开具之日起360日内向主管国税机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
纳税人取得的2017年6月30日前开具的增值税扣税凭证，仍按《税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）执行。
一句话总结：增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税增值税、机动车销售统一和海关进口增值税缴款书等三类增值税扣税凭证，抵扣期限延长到360天。